Предводитель серпентинов, Пайтор, лелеет коварный план возродить легендарного Великого Поглотителя — змея, способного пожирать всё на своём пути. Ниндзя придётся заглянуть внутрь себя, чтобы полностью раскрыть свой потенциал. Само существование острова НИНДЗЯГО теперь под угрозой. Ниндзя приходится не только сражаться с нашествием Змеиных кланов, но и взять на сея воспитание Ллойда, когда становится известно, что именно он станет Зелёным ниндзя из пророчества — могущественным воином, которому суждено победить Тёмного лорда в решающей битве между добром и злом. По мере развития событий каждый из ниндзя делает важные открытия о своей природе, что позволяет им овладеть силами стихий. Чтобы справится с Великим Поглотителем, ниндзя приходится положиться на помощь Лорда Гармадона, который обладает уникальной способностью использовать все четыре вида Золотого оружия.

В конце концов, Лорд Гармадон исчезает, прихватив с собой Золотое оружие — то самое, которое необходимо ему, чтобы превратить остров НИНДЗЯГО в обитель зла. .